Самостоятельные научные подразделения

• Институт прикладной экономики и бухгалтерского учёта железнодорожного транспорта
• Научно-образовательный центр инновационного развития пассажирских железнодорожных перевозок
•  Научно-исследовательская лаборатория «Магнитоэлектрические транспортные системы»
•  Научно-исследовательская лаборатория «Инновационное развитие транспорта»
• Испытательный центр «Экологическая безопасность и охрана труда»
• Испытательная лаборатория «Механическая лаборатория им. проф. Н.А. Белелюбского»
• Лаборатория по испытаниям технических средств по требованиям обеспечения транспортной безопасности и требованиям безопасности информации (ЛТБИ).

Научные подразделения в составе кафедр

• Научно-исследовательская лаборатория «Динамика вагонов»
• Лаборатория неразрушающего контроля и диагностики подъемных сооружений
• Квалификационный центр по неразрушающему контролю
• Научно-исследовательская лаборатория «Очистка и обеззараживание природных, промышленных сточных вод, систем вентиляции и кондиционирования»
• Отраслевая научно-исследовательская лаборатория стрелочного хозяйства
• Научно-исследовательская и испытательная лаборатория «Инженерно-геологические изыскания при проектировании транспортных объектов»
• Научно-исследовательская лаборатория «Комплексное развитие транспортных систем»
• Научно-исследовательская лаборатория программных средств неразрушающего контроля
• Научно-исследовательский технический центр «Сократ»
• Испытательный центр «Прочность-серт»
• Испытательный центр «Прочность»
• Научно-исследовательская лаборатория «Строительные материалы, изделия и конструкции»
• Научная испытательная лаборатория «Мостовая лаборатория»
• Испытательная лаборатория «Грунты и строительные материалы»
• Испытательная лаборатория средств защиты информации по требованиям безопасности информации
• Центр строительных и инвестиционных проектов
• Научно-образовательный центр «Мультимодальные транспортные системы»
• Научно-образовательный центр «Промышленный и городской транспорт»
• Научно-исследовательская лаборатория «Автоматизация проектирования и моделирования систем ЖАТ»
• Отраслевая научно-исследовательская лаборатория «Автоматизация технического обслуживания, диагностика и мониторинг систем ЖАТ»
• Центр компьютерных железнодорожных технологий
•  Испытательный центр
•  Лаборатория «Обучение и внедрение компьютерных железнодорожных технологий»
•  Лаборатория «Электромагнитной совместимости и электропитающих устройств железнодорожной автоматики»
• Научно-исследовательская лаборатория «Функциональной диагностики»
• Испытательная лаборатория программных средств железнодорожного транспорта

Малые инновационные предприятия

• Научно-инновационный центр «Вагоны»
• Научно-инновационный центр «Вагон-Тест»