Преподавание экономики транспорта в Институте инженеров путей сообщения было начато проф. Е.В. Михальцевым еще в 20-х годах ХХ века. Вместе с другими прогрессивными учеными — Н.А. Белелюбским, В.Е. Тимоновым, С.Д. Карейшей, Н.А. Рыниным — Евгений Владимирович после Октябрьской революции активно участвовал в перестройке высшей школы. При непосредственном его участии в 1920 году в учебном плане нашего университета были предусмотрены две экономические дисциплины «Учение о народном хозяйстве» и «Экономика и организация транспортных и строительных предприятий», а в 1923 году выделилась специальная дисциплина «Железнодорожная экономика».

Кафедра «Экономика транспорта» существует в ПГУПС в 1937 г. Создание кафедры было вызвано возросшими требованиями к подготовке высококвалифицированных специалистов в области отраслевой экономики.

Первым заведующим кафедрой был доктор технических наук, заслуженный деятель науки и техники РСФСР, профессор Евгений Владимирович Михальцев, который возглавлял ее с 1937 по 1942 г. Е.В. Михальцев стал основателем советской школы экономики железных дорог, создал систему анализа расходов и расчетов себестоимости железнодорожных перевозок. В 1927 году он издает свой первый труд по вопросам экономики железнодорожного транспорта — «Издержки железнодорожной перевозки», где были заложены основы калькуляции и анализа себестоимости железнодорожных перевозок. В последующие годы Евгений Владимирович продолжил исследования в данной области. Им были опубликованы следующие научные работы: «Себестоимость перевозки Кузнецкого угля на Магнитогорский металлургический завод» (1929 г.), «Зависимость издержек железнодорожной перевозки от размеров движения» (1930 г.), «Коэффициент издержек как универсальная характеристика работы дороги» (1932 г.), «Себестоимость железнодорожных перевозок» (1957 г.) и другие.

С первых дней существования кафедры к преподаванию привлекались ведущие специалисты выпускники ЛИИЖТа и инженеры-экономисты выпускники Политехнического института: Петроканский Б.И., Шаблеев С.И., Лундин З.Д. и др., внесшие значительный вклад в развитие научной школы кафедры. С 1949 г. по 1961 г. кафедрой руководил Степан Игнатьевич Шаблеев.

В начале 60-х годов кафедрой «Экономика транспорта» заведовал проф. Борис Иванович Петроканский, под руководством которого созданы основные учебники по железнодорожной статистике, организации бухгалтерского учета на железнодорожном транспорте. В соавторстве с В.А. Владимировым в 1969 г. был издан учебник для экономистов «Железнодорожная статистика», в котором излагались основные положения статистики перевозок грузов и пассажиров; эксплуатации подвижного состава; основных средств и технической вооруженности; материально-технического снабжения, труда и финансов, были раскрыты методы анализа статистической информации, на основе которых и в настоящее время производится анализ работы железных дорог, структурных подразделений и обосновываются принципы оценки резервов повышения эффективности их работы.

В 1973 году заведующим кафедрой становится профессор Н.В. Берндт. С этого времени основные научные направления кафедры связаны с исследованием вопросов организации и производительности труда на железнодорожном транспорте, выявлением резервов ее роста. Идеи Н.В. Берндта были развиты его учениками и последователями проф. В.Л. Белозеровым, проф. Т.П. Коваленок, доц. Н.С. Славиным. В это же время на кафедре стало развиваться новое научное направление, связанное с совершенствованием хозяйственного расчета на железнодорожном транспорте. Был выполнен ряд крупных научных и практических разработок, имевших важное значение для железных дорог таких как: определение расчетных цен для разных групп линейных предприятий, отделений дорог и железных дорог, а также методика формирования и прогнозирования доходов для хозяйственных структур по уровню управления (железная дорога — отделение дороги — линейное предприятие).

Большую роль в развитии этой научной школы внесли профессор Ефанов А.Н., доценты Квицинский А.С., Столярова Т.А., Соколова И.Н.
В 1971 г. проф. Ефановым А.Н. и доцентами Квицинским А.С., Кулаевым Ю.Ф. издана книга «Экономическое обоснование мероприятий по улучшению эксплуатационной работы железных дорог».

В 80-е годы в стране широко велись разработки и внедрение экономико-математических методов для прогнозирования и планирования объема перевозок, эксплуатационных расходов, доходов, капитальных вложений. В этот период выходит ряд публикаций сотрудников кафедры на эту тему — проф. А.Г. Захарова, доц. В.Г. Карчика, доц. Б.П. Немцова.

С 1986 по 2000 гг. кафедру «Экономика транспорта» возглавлял проф. А.Н. Ефанов — крупный специалист в области развития теории и практики ценообразования на железнодорожном транспорте. В качестве пути совершенствования системы грузовых тарифов в условиях полного хозяйственного расчета и самофинансирования железнодорожного транспорта проф. А.Н. Ефанов (1989 г.) выдвинул принцип индивидуальных нормативных затрат, дифференцированных по отдельным полигонам сети по ряду факторов.

Переход экономики России на рыночные принципы управления нашел отражение в научной деятельности кафедры «Экономика транспорта». Здесь получило развитие новое научное направление, связанное с совершенствованием управления на железнодорожном транспорте, которое возглавили проф. А.А. Зайцев, А.Н. Ефанов. Результаты исследований нашли отражение в большом числе статей, докладов и монографиях.

Начиная с 2000 г. заведующим кафедрой становится профессор Т.П. Коваленок, под руководством которой были сформулированы новые и получили дальнейшее развитие созданные ранее научные школы. Сотрудники и аспиранты кафедры занимались исследованиями зависимости эксплуатационных расходов железной дороги от объемов перевозок, совершенствованием расчетов себестоимости перевозок по участкам и направлениям, расходов на продвижение вагонопотоков для их экономически рациональной организации при составлении планов формирования поездов, методами оценки влияния основных факторов на себестоимость перевозок железных дорог. На базе этих исследований был разработан ряд программных комплексов для управления затратами, внедренных в практику работы специалистов Октябрьской железной дороги.

С начала осуществления структурной реформы на железнодорожном транспорте процессы реорганизаций предприятий, образования конкурентоспособных структур и повышение эффективности их деятельности находят отражение в научных исследованиях, выполняемых кафедрой и диссертационных работах аспирантов и соискателей.

С 1 июня 2010 года по 31 декабря кафедру «Экономика транспорта» возглавлял профессор, доктор экономических наук Николай Павлович Веретенников.
С 2011 года заведующей кафедрой становится д.э.н., профессор Журавлёва Наталья Александровна. На кафедре формируется научное направление по созданию новой экономики железных дорог на базе интеллектуальной транспортной системы, в которой принимает активное участие студенческой научное общество. В учебную программу вводятся новые курсы, такие как «Рынок транспортных услуг», «Экономика транспортных организаций», «Экономика и нормирование труда на транспорте», «Управление инновациями», «Инвестиционное проектирование и управление на ж.д. транспорте». Практические занятия основных учебных курсов строятся на базе SAP (ЕК АСУФР и ЕК АСУТР). К работе на кафедре активно привлекаются молодые ученые университетов Санкт-Петербурга и ведущие специалисты компании ОАО «РЖД».